Les salles muséales sont actuellement fermées pour rénovation et les collections font l'objet d'un vaste chantier de restauration.
La Citadelle regroupe plusieurs collections :
Collection Boumeester-Goetz : environ soixante oeuvres de Christine Boumeester, artiste hollandaise naturalisée française, et d’Henri Goetz, artiste américain naturalisé français, ainsi qu’une cinquantaine d’oeuvres de leur collection personnelle, incluant de grands artistes du XXe siècle comme Pablo Picasso, Joan Miró, Hans Hartung ou Francis Picabia.
Fondation Musée Volti : dédiée au sculpteur Volti, elle réunit plus de 180 oeuvres (bronzes, cuivres martelés, plâtres, terres cuites et oeuvres sur papier).
Histoire et collections de la Ville : oeuvres, objets et artefacts acquis depuis plus d’un siècle retraçant l’histoire de Villefranche-sur-Mer et de la Citadelle : patrimoine militaire (27e Bataillon de Chasseurs Alpins), oeuvres de Jean Cocteau, peintures russes de la fin du XIXe siècle.